Das Unterrichtsfach Sport wird von der 5. bis zur 10. Klasse dreistündig im Klassenverband unterrichtet. Im 6. Jahrgang geht jede Klasse ins naheliegende Chorweilerbad und wird im Schwimmen unterrichtet.

In der Sekundarstufe I und II bilden Basketball und Badminton die Schwerpunktsportarten.

Die große Außensportanlage und die Nähe zur angrenzenden Bezirkssportanlage Köln-Chorweiler  und dem Naherholungsgebiet Fühlinger See bieten der Heinrich-Böll-Gesamtschule vielfältige Möglichkeiten, Schulsport außerhalb der Sporthalle stattfinden zu lassen. Neben einer Triathlon AG unterhält die Schule eine Kooperation mit dem RTHC Leverkusen. Die Schule nutzt 1ner 2er und 4er Boote, sowie eine Kooperation mit der RSG. In diesem Rahmen richtet die Heinrich-Böll-Gesamtschule jährlich die Stadtmeisterschaften der Kölner Schulen im Radsport aus.

Regelmäßig nimmt die Heinrich-Böll-Gesamtschule an Stadtmeisterschaften unterschiedlicher Sportarten und am Kölner Schulmarathon teil.

In der Sekundarstufe II wird das Unterrichtsfach Sport als Grund- und Leistungskurs angeboten.